Управление Россельхознадзора по Костромской и Ивановской областям с помощью ФГИС «Меркурий» и лабораторных исследований осуществляет контроль за качеством и безопасностью продукции, находящейся в обороте на поднадзорной территории.
При реализации плана мониторинга качества и безопасности пищевых продуктов сотрудники Управления в обязательном порядке с использованием ФГИС «Меркурий»  анализируют всю цепочку производства продукта. С использованием федеральной системы ведомством, в частности, подтверждены факты фальсификации молочных продуктов.
Так, за истекший период 2020 года сотрудниками Управления в подведомственные Россельхознадзору лаборатории было направлено 1700 проб животноводческой продукции и кормов.  
По результатам исследований установлено, что 179 образцов не соответствуют требованиям качества и безопасности, установленным техническими регламентами, действующими на территории ЕАЭС, и нормативно-правовыми документами. Обнаружено, в частности, фальсификация молочной продукции жирами растительного происхождения, а также наличие в мясной продукции остатков лекарственных средств, бактерий группы кишечной палочки, сальмонелл, листерий и др. 
ФГИС «Меркурий» позволила подтвердить фальсификацию молочного продукта ООО «Южским молочным заводом», ООО «Модус» и др.  отсутствием сведений о сырье, используемом для его производства. 
По фактам установленных нарушений Управлением Россельхознадзора за истекший период  2020 года предприятиям-производителям продукции выданы предписания о прекращении действия 29 деклараций о соответствии. 
В отношении хозяйствующих субъектов, допустивших выработку недоброкачественной пищевой продукции на территории Костромской и Ивановской областей, приняты меры по возбуждению дел об административных правонарушениях.