Управлением Россельхознадзора по Костромской и Ивановской областям при проведения мониторинга ФГИС «Меркурий» за 2019 год выявлены серьезные нарушения хозяйствующими субъектами оформление электронных ветеринарных сопроводительных документов  (эВСД).
Так, при проверке документации в отношении  ОАО «Волгореченскрыбхоз» (Костромская область) было выявлено, что ветеринарные сертификаты оформлены на объем партий готовой продукции (икра осетровых рыб), превышающей  в 5-6 раз суточную производственную мощность икорного цеха предприятия. Установлено оформление более 90 электронных ветеринарных сопроводительных документов для перемещения готовой продукции, производство которой согласно журналу вырабатываемой продукции предприятия, в указанные дни не осуществлялось. По данным фактам в отношении ветеринарного врача ОГБУ «Костромская городская станция по борьбе с болезнями животных», оформившего эВСД, материалы направлены в Управление ветеринарии, правоохранительные органы Костромской области. 
В Ивановской области на предприятии ИП Курочкиной НН, производящем мясные полуфабрикаты (пельмени, котлеты, фарш, кусковое мясо и другие) выявлено необоснованное превышение объёмов вырабатываемой продукции в 30 раз больше поступившего в переработку сырья. По данному факту Управлением Россельхознадзора проводится внеплановая проверка.
Мониторинг системы  выявил, что уполномоченные лица хозяйствующих субъектов при  оформлении электронных ветеринарных документов допускают неполную или неверную информацию о проведении ветеринарно-санитарной экспертизы,  маркировки продукции, не указывают вид упаковки, количество, термическое состояние и температурный режим при транспортировке продукции. Выявлены случаи оформления документов на продукцию, не разрешённую к оформлению уполномоченными лицами, согласно установленному  перечню.
Кроме того, установлено 18 фактов систематического игнорирования уполномоченными лицами процедуры «гашения» эВСД , которая позволяет, своевременно контролировать перемещение животноводческой продукции. За нарушение требований законодательства, в том числе за нарушения в работе в ФГИС «Меркурий» 16 юридических и должностных лиц, индивидуальных предпринимателей привлечено к административной ответственности на общую сумму 90 тысяч рублей, вынесено 5 предупреждений.
 По  результатам мониторинга ФГИС «Меркурий»  Управлением Россельхознадзора по Костромской и Ивановской областям выдано 34 предостережения хозяйствующим субъектам:
Костромская область: АО «Шувалово» (Костромской район)  ИП Румянцев М.И. (Галичский район);  ИП Бойцов С.А. ,ИП Вичуров М.В.(г. Кострома) ; ИП Садовникова С.В. (г. Чухлома); ИП Нечаева  М.В. (г. Буй); ИП Митина И.А. (п. Вохма);  ИП Покровский Н.Ю. (г. Шарья). 
 Ивановская область: торговая сеть ООО "Трейд Групп",  торговая сеть ООО "Прод Астра", торговая  сеть ООО «Аксиома», ООО "Лик Продукт", 
ООО "Продукты",  ООО "Норма Пекарня»,  ИП Бабушкина А.А., ИП Керимов Н.И., (г. Иваново), ИП Селиверстов М.Б., ИП Самарина И.Г.  (г. Шуя) , ИП Сашина Е.С. Ивановский район, г. Иваново, ИП Кузьмин А.Н. г. Южа, " г. Иваново, г. Шуя,